La Isla de Coche no sólo fue víctima de los piratas de ultramar enemigos de España, sino que también lo fue de los propios hispanos en tiempo de la Independencia.
Francisco Esteban Gómez, jefe militar patriota, en las observaciones que hace sobre la Historia de Margarita escrita por el doctor Francisco Javier Yánez, dice que a fines de 1811 "la goleta de "Gabazo", goleta "Pellejo" y la "Vengadora", mandada por Samarra, no sólo hostilizaban la Isla y destruían el comercio de Costa Firme, sino que quemaron todas las casas y
chinchorros que había en Coche y derribaron los cocales que habían aquella isla.
La verdad es que resulta inexplicable tanta ferocidad contra una Isla que no constituía ningún peligro u obstáculo en la guerra desatada por España contra los patriotas, a menos que lo justifique la buena disposición que siempre tuvieron los cochenses para abastecer de pescado a quienes sostenían la Provincia de Margarita a favor de la Independencia o la colaboración que los habitantes prestaron a los margariteños para extraer cañones de los buques de guerra naufragados en el pasado en las cercanías de la isla, para usarlos contra los realistas.
Ni siquiera el Gobernador Civil y Militar de Margarita en 1812, Pascual Martínez, perdonó a los cochenses. Hasta allá extendió su crueldad. A quien considerase amigo de los patriotas o se demorase en pagar los impuestos, los castigaban haciéndolos sentar, no importaba fuese mujer u hombre, sobre un cañón calentado con disparos o poniéndolos de cabeza en el cepo. Este gobernante tarde o temprano debía pagar sus crímenes contra la población indefensa. El 18 de agosto de 1814, estando Margarita en manos de los patriotas encabezados por Juan Bautista Arismendi, fue ejecutado tras seguírsele juicio.
Más pasable, en todo caso, fue el mariscal de campo Pablo Morillo, quien tomó la Isla de Coche como base de sus operaciones militares contra los patriotas de Margarita, abril de 1815, cuando se incendió en sus costas el buque insignia "San Pedro Alcántara", y en julio de 1817 para invadir a Margarita, infructuosamente, pues fue derrotado en la Batalla de Matasiete. Antes ni después de Morillo ha habido tanta concentración militar en la Isla de Coche y, sin embargo, no hubo tropelía contra sus moradores. Tres mil oficiales y soldados estuvieron allí preparándose para asaltar a la vecina Margarita, los más de ellos pertenecían a los Batallones Burgos y Barbastros que ese mismo año pelearán también en Guayana contra las fuerzas de Piar y Cedeño.